日本学術会議は、総会、幹事会のほか、3つの部会（人文・社会科学、生命科学、理学・工学）及び 30の分野別の委員会、組織運営のための委員会、そのほか課題審議のための委員会を組織し活動しています。
委員会等は、審議経過や調査資料などを「記録」として適宜とりまとめて公表しています。

日本学術会議の組織運営に関する委員会など

総会
幹事会 移転検討委員会 日本の展望委員会 IT環境整備推進委員会 科学者に関する国際人権問題委員会 東日本大震災に係る学術調査検討委員会 東日本大震災復興支援委員会 若手アカデミー委員会 外国人友（仮称）制度検討委員会（21期設置期間終了） 東日本大震災対策委員会 （21期設置期間終了）	第一部（人文・社会科学） 第二部（生命科学） 第三部（理学・工学）
選考委員会	企画委員会（廃止）
科学者委員会 科学者委員会 広報分科会 科学者委員会 男女共同参画分科会 科学者委員会 学術体制分科会 科学者委員会 学協会の機能強化方策検討等分科会 科学者委員会 学術の大型研究計画検討分科会 科学者委員会 学術誌問題検討分科会 科学者委員会 知的財産検討分科会 科学者委員会 学術統計検討分科会（21期廃止）	科学と社会委員会 科学と社会委員会 科学力増進分科会 科学と社会委員会 年次報告等検討分科会 科学と社会委員会 「知の航海」分科会 科学と社会委員会 課題別審議検討分科会 科学と社会委員会 課題別審議等査読分科会 科学と社会委員会 政府、社会及び国民等との連携強化分科会

課題別委員会

大学教育の分野別質保証推進委員会	高レベル放射性廃棄物の処分に関する検討委員会	科学・技術を担う将来世代の育成方策検討委員会
研究にかかわる「評価システム」の在り方検討委員会	日本の経済政策の設計と具体化検討委員会	科学・技術のデュアルユース問題に関する検討委員会
医師の専門職自律の在り方に関する検討委員会
科学・技術を担う将来世代の育成方策検討委員会 （21期設置期間終了）	研究にかかわる「評価システム」の在り方検討委員会 （21期設置期間終了）	医師の専門職自律検討委員会 （21期設置期間終了）
高レベル放射性廃棄物の処分に関する検討委員会 （21期設置期間終了）	人間の安全保障とジェンダー委員会 （21期設置期間終了）	東アジア共同体の学術基盤形成委員会 （21期設置期間終了）
社会のための学術としての「知の統合」推進委員会 （21期設置期間終了）	大学教育の分野別質保証の在り方検討委員会 （21期設置期間終了）	持続可能な長寿社会に資する学術コミュニティーの構築委員会 （21期設置期間終了）
自然災害軽減のための国際協力のあり方検討委員会 （21期設置期間終了）	地球温暖化問題に関わる知見と施策に関する分析委員会 （21期設置期間終了）	労働雇用環境と働く人の生活・健康・安全委員会 （21期設置期間終了）

分野別委員会

言語・文学委員会	哲学委員会	心理学・教育学委員会	社会学委員会
史学委員会	地域研究委員会	法学委員会	政治学委員会
経済学委員会	経営学委員会	基礎生物学委員会	統合生物学委員会
農学委員会	食料科学委員会	基礎医学委員会	臨床医学委員会
健康・生活科学委員会	歯学委員会	薬学委員会	環境学委員会
数理科学委員会	物理学委員会	地球惑星科学委員会	情報学委員会
化学委員会	総合工学委員会	機械工学委員会	電気電子工学委員会
土木工学・建築学委員会	材料工学委員会

国際委員会

国際会議主催等検討分科会	アジア学術会議分科会	G8及びICSU分科会	日本・カナダ女性研究者交流分科会
国際対応戦略立案分科会
日英学術交流分科会 （21期設置期間終了）	Ｇ８学術会議分科会 （21期設置期間終了）	持続可能な社会のための科学と技術に関する国際会議2011分科会（21期設置期間終了）	ICSU分科会 (21期設置期間終了）
AASSREC・IFSSO分科会※	IUBS分科会※	IUPAC分科会※	IUBMB分科会※
PSA分科会※	CODATA分科会※	SCOR分科会※	CISH分科会※
IUOAS分科会※	IALS分科会※	IEA分科会※	IEHA分科会※
IMU分科会※	IUPAP分科会※	IAU分科会※	IUGS分科会※
IMA分科会※	INQUA分科会※	IGU分科会※	ICA分科会※
IUGG分科会※	SCOSTEP分科会※	IUHPS分科会※	IUCr分科会※
IUPAB分科会※	COSPAR分科会※	SCAR分科会※	URSI分科会※
IASC分科会※	WFEO分科会※	ICO分科会※	IFAC分科会※
IUTAM分科会※	IUNS分科会※	CIGR分科会※	IUMS分科会※
IUSS分科会※	IUPS分科会※	IUPHAR分科会※	ICLAS分科会※
IGBP分科会※	IHDP分科会※	IGCP分科会※	ILP分科会※
STPP分科会※	WCRP分科会※

※国際委員会及び分野別委員会の下に置かれている分科会