会員は、内閣総理大臣によって任命され、日本学術会議総会の構成メンバーであり、第一部（人文・社会科学）、第二部（生命科学）、第三部（理学・工学）のいずれかの部に所属しています。会員は、非常勤の特別職国家公務員の身分を持ち、総会と各部会を構成するのは会員のみで、日本学術会議の運営と重要問題の審議に責任を負う立場です。
　連携会員は、学術会議会長によって任命され、会員と連携して日本学術会議の職務の一部を行う非常勤の一般職国家公務員です。各種の委員会や分科会に委員として参加して、審議に参画します。

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　「日本学術会議の会員は国家公務員法第2条により特別職国家公務員に定められており、日本学術会議は、「独立して」「職務を行う」ことが日本学術会議法で定められています。なお、特別職国家公務員には、日本学術会議会員以外にも、内閣総理大臣や国務大臣、特命全権大使、裁判官・裁判所職員、国会職員、防衛省職員など多くの職員が指定されています。

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　会員は非常勤の特別職国家公務員、連携会員は非常勤の一般職国家公務員としての身分を有しますが、それに伴う固定給は支払われませんし、年金の支払いもありません。会員・連携会員の主な仕事は委員会や分科会に参加し審議を行うということですので、会議に出席した場合には会員には会員手当、連携会員には委員手当として、どちらも同額の日額19,600円が支給され、旅費も実費相当額が支払われます。なお、会員手当及び委員手当は、委員会に出席した日に日当として支払われるものですので、１日に複数回の会議に出席しても同額です。また、会議以外に学術会議の業務を行っても手当等の支払いは一切ありません。会員・連携会員は会議出席以外に、会議のための資料準備や提言案その他の文書の作成、シンポジウムの企画・立案など様々な業務に日常的に多くの時間を費やしていますが、これらはボランタリーな精神で担われています。

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